工程实验室实行理事会领导下的主任负责制，设主任一名，执行主任一名，副主任若干名。
陈国良
主任
中国科学院院士
首届高等学校国家教学名师
李坚强
执行主任
国家杰出青年基金获得者
国家重点研发项目首席科学家
朱泽轩
专职副主任
广东省首批特支计划创新青年拔尖人才
沈琳琳
专职副主任
爱思唯尔“中国高被引学者”（2015-2022）
单志广
副主任
国家信息中心信息化和产业发展部主任
武永卫
副主任
清华大学计算机科学与技术系副主任
IEEE Fellow
李明
副主任
中兴通讯产品总监
王巨宏
副主任
腾讯科技副总裁
毛睿
副主任
教育部长江学者
黄哲学
副主任
广东省领军人才
深圳市孔雀计划高层次人才
彭小刚
主任助理
深圳十佳青年教师
罗成文
主任助理
深圳大学荔园优青